Хигиена и контрола контаминације су од врхунског значаја у свакој фази модерне линије за пуњење воде, јер је вода производ са ниском киселином подложан микробном расту. Цела линија за пуњење воде је изграђена од нерђајућег челика за храну (АИСИ 304/316Л) за све површине које су у контакту са производом, које су полиране до гладне завршне боје како би се спречило прилепљење бактерија. Критична карактеристика је интеграција система за чишћење на месту (ЦИП) са затвореном веригом, који аутоматски чисти и дезинфицира резервоаре, цевоводи и вентили за пуњење воде без демонтаже. Машина за испирање на почетку линије за пуњење воде користи филтрирани компресиони ваздух, воду обогаћену озоном или чисту воду како би се осигурало да је свака боца унутрашна чиста пре пуњења. За произвођаче стерилне флаширане воде, линија за пуњење воде укључује стерилну зону са HEPA филтрираним ламинарним проток ваздуха који окружује вентили за пуњење, а све компоненте се стерилишу прегријатом паром или хемијским парима пре рада. Овај свеобухватан фокус на хигијенски дизајн осигурава да свака боца произведена на линији за пуњење воде испуњава највише глобалне стандарде безбедности хране, штити и здравље потрошача и репутацију бренда.