Машине за пуњење воде дизајниране су да обраде различите методе пуњења како би испуниле специфичне захтеве разних извора воде и материјала флаша. Најчешће коришћене методе пуњења у машинама за пуњење воде укључују гравитационо пуњење, пуњење при нормалном притиску и вакуумско пуњење. Гравитационо пуњење је једноставна и економична метода која се заснива на силе гравитације ради пуњења флаша. У машини за гравитационо пуњење, вода се чува у резервоару изнад млазница за пуњење. Када се флаше поставе испод млазница, вода под дејством гравитације тече у флаше. Ова метода је погодна за пуњење флаша течностима ниског вискозитета, као што су очишћена вода и минерална вода. Машине за гравитационо пуњење лако је управљати и одржавати, а често се користе у малим и производним капацитетима мале скале. Пуњење при нормалном притиску, познато и као атмосферско пуњење, још једна је широко распрострањена метода пуњења. У машини за пуњење при нормалном притиску, вода се улива у флаше при атмосферском притиску. Процес пуњења контролишу вентили који се отварају и затварају ради регулације протока воде. Ова метода је погодна за пуњење флаша разноврсним течностима, укључујући воду, сокове и безалкохолна пића. Машине за пуњење при нормалном притиску осигуравају добру тачност пуњења и релативно су лаке за чишћење и дезинфекцију. Често се користе у производним погонима средње величине. Вакуумско пуњење је метода пуњења која ствара вакуум унутар флаше пре пуњења. Ово помаже у уклањању сваког ваздуха из флаше, смањујући ризик од оксидације и контаминације. У машини за вакуумско пуњење, флаша се прво евакуише ради стварања вакуума, а затим се вода увлачи у флашу услед разлике у притисцима. Вакуумско пуњење погодно је за пуњење флаша летљивим или кисеоником осетљивим течностима, као што су неки видови укусне воде и премијум минералне воде. Машине за вакуумско пуњење осигуравају високу тачност пуњења и могу гарантовати квалитет и стабилност флаширане воде. У стварним применама, избор методе пуњења зависи од карактеристика извора воде, материјала флаше и захтева производње. На пример, ако произвођач производи флаширану воду са високим садржајем минерала, можда ће одабрати машину за вакуумско пуњење да би спречио оксидацију минерала и утицај на укус воде. Ако произвођач производи велике количине очишћене воде за масовни тржиште, машина за гравитационо пуњење или пуњење при нормалном притиску може бити погоднија због своје економичности и лакоће у раду.