Машините за полнење на вода се дизајнирани да работат со различни методи на полнење за да ги задоволат специфичните барања на разновидни извори на вода и материјали за боци. Најчестите методи на полнење што се користат кај машините за полнење на вода вклучуваат полнење со помош на гравитација, полнење под нормален притисок и полнење со вакуум. Полнењето со помош на гравитација е едноставен и рентабилен метод кој се заснова на силата на тежината за полнење на боците. Кај овој тип машини, водата се чува во резервоар над дозаторите. Кога боците ќе се постават под дозаторите, водата тече надолу во нив благодарение на гравитацијата. Овој метод е погоден за полнење на боци со течности со ниска вискозност, како што се пречистената вода и минералната вода. Машините за полнење со гравитација се лесни за работа и одржување и често се користат во мали и производни објекти со пониски капацитети. Полнењето под нормален притисок, исто така наречено полнење под атмосферски притисок, е уште еден широко распространет метод. Кај овој тип машини, водата се полни во боците под атмосферски притисок. Процесот на полнење се контролира со вентили кои се отвораат и затвораат за да регулираат проток на вода. Овој метод е погоден за полнење на боци со широк спектар на течности, вклучувајќи вода, сокови и безалкохолни пијалаци. Машините за полнење под нормален притисок обезбедуваат добра прецизност на полнење и се релативно лесни за чистење и дезинфекција. Тие често се користат во средни производни објекти. Полнењето со вакуум е метод при кој прво се создава вакуум внатре во бочката пред полнењето. Ова помага да се отстрани воздухот од бочката, намалувајќи го ризикот од оксидација и контаминација. Кај машината за полнење со вакуум, прво се испушта воздухот од бочката за да се создаде вакуум, а потоа водата се влече во неа поради разликата во притисок. Овој метод е погоден за полнење на боци со летливи или чувствителни кон кислород течности, како што се некои видови на ароматизирана вода и премиум минерална вода. Машините за полнење со вакуум обезбедуваат висока прецизност и можат да гарантираат квалитет и стабилност на флашираната вода. Во практичната примена, изборот на методот за полнење зависи од карактеристиките на изворот на вода, материјалот на бочката и производните барања. На пример, ако производител прави флаширани минерални води со висок содржин на минерали, можеби ќе избере машина за полнење со вакуум за да ги спречи минералите да се оксидираат и да ја променат вкусот на водата. Ако производителот произведува големи количини пречистена вода за масовниот пазар, машината за полнење со гравитација или под нормален притисок можеби ќе биде повеќе погодна поради нејзината рентабилност и леснотија во операцијата.