Внедрувањето на строга, заснована на науката програма за осигурување квалитетот (QA) е основа на довербата на потрошувачите и репутацијата на брендот за секоја фабрика за боцкирање на вода. Оваа програма во професионална фабрика за боцкирање на вода се протега далеку понатаму од само тестирањето на готовиот производ и го опфаќа целиот процес. Тоа вклучува редовно микробиолошко и хемиско тестирање на изворната вода, водата во текот на производството по секоја фаза на обработка и завршените боцки. Фабриката за боцкирање на вода исто така мора да го потврди ефектот на постапките за чистење и дезинфекција (CIP) и да го следи хигиенскиот статус на производствената средина преку тестирање на воздухот и површините со тампони. Деталното водење на документација и системите за проследливост се задолжителни, што овозможува секоја партија произведена од фабриката за боцкирање на вода да се проследи до нејзините изворни материјали и условите на производството. Примена на меѓународни стандарди како што е ХАССП (Анализа на опасностите и критични контролни точки) е стандардна пракса за респектабилна фабрика за боцкирање на вода, што осигурува проактивен и превентивен пристап кон управувањето со безбедноста на храната.