포장 및 생산 공장은 정수된 물을 용기에 충진하는, 생수 병입 공장의 역동적인 심장부이다. 이 구역에는 자동화된 생산 라인이 설치되어 있으며, 병을 현장에서 제조하는 경우 블로우 성형기(blow molder), 병 세척기(bottle rinsers), 충진기(filling machine), 캡핑기(cappers), 라벨링기(labelers), 코드 인쇄기(coders), 수축 포장기(shrink wrappers) 또는 케이스 패킹기(case packers) 등 다양한 장비가 포함될 수 있다. 생수 병입 공장 내 이 공장의 배치는 원활하고 직선적인 자재 흐름을 위해 최적화되어 있어 병목 현상과 교차 오염 위험을 최소화한다. 또한 환경 관리도 매우 중요하다. 생수 병입 공장의 생산 구역에서는 양압(positive air pressure) 유지, 온도 조절, 청결도 기준 강화 등이 반드시 이행되어야 하며, 이는 제품 안전성 확보와 민감한 전기-기계식 장비의 신뢰성 있는 작동을 동시에 보장하기 위한 필수 조건이다. 이 전체 구역의 효율성은 생수 병입 공장의 최종 생산량 및 운영 비용을 직접적으로 결정한다.