엄격하고 과학 기반의 품질 보증(QA) 프로그램을 구현하는 것은 모든 생수 병입 공장에서 소비자 신뢰와 브랜드 평판의 기반이다. 전문적인 생수 병입 공장의 이 프로그램은 최종 제품 검사에 그치지 않고, 전체 제조 공정 전반에 걸쳐 적용된다. 이는 원수의 정기적인 미생물학적 및 화학적 검사, 각 처리 단계 후 중간 공정수의 검사, 그리고 완제품 병의 검사를 포함한다. 생수 병입 공장은 또한 세정 및 살균 절차(CIP)의 효과성을 검증해야 하며, 공기 및 표면 면봉 검사를 통해 생산 환경의 위생 상태를 지속적으로 모니터링해야 한다. 또한 상세한 기록 관리 및 추적성 시스템이 필수적이며, 생수 병입 공장에서 생산된 모든 로트는 원료 및 생산 조건으로 정확히 추적 가능해야 한다. HACCP(Hazard Analysis Critical Control Point, 위해요소중점관리기준)와 같은 국제 표준을 준수하는 것은 신뢰도 높은 생수 병입 공장의 표준 관행으로, 식품 안전 관리에 있어 사전적·예방적 접근을 보장한다.