Farklı su doldurma makinelerini anlamak, belirli bir uygulama için doğru ekipmanı seçmek açısından hayati öneme sahiptir. Temel sınıflandırma genellikle doldurma prensibine dayanır. Atmosferik veya yerçekimiyle doldurma makineleri, atmosfere açık bir depodan şişeye sıvının yerçekimiyle akması prensibiyle çalışan ve genellikle karbonatsız su için kullanılan en yaygın tiptir; bu basit ve güvenilir yöntem, standart şişelenmiş su üretim hatları için idealdir. Daha büyük kaplar için veya daha yüksek hızlarda ve hassasiyetle doldurma işlemi gerçekleştirmek amacıyla önceden ayarlanmış hacimde suyu ölçerek dolduran hacimsel pistonlu doldurma makineleri ya da akış ölçer tabanlı doldurma makineleri tercih edilir. Başka bir önemli ayrım ise makinenin yapısıyla ilgilidir: Monoblok sistemler, yıkama, doldurma ve kapaklama işlemlerini tek bir kompakt ünitede birleştirir ve bu nedenle alan kısıtlaması olan tesisler için mükemmeldir; buna karşılık döner (rotary) doldurma makineleri, şişelerin dairesel bir hareketle birden fazla istasyonda aynı anda doldurulduğu yüksek hızda üretim için tasarlanmıştır. Ayrıca, 5 galonluk variller için özel olarak geliştirilen bir su doldurma makinesi, küçük PET şişeler için tasarlanan bir makineden oldukça farklıdır; bu makineler otomatik varil taşıma, dezenfektanlı iç/dış yıkama ve özel kapak mühürleme mekanizmalarına sahiptir. Hem karbonatlı hem de karbonatsız su üretmeyi hedefleyen işletmeler için, karbonatlı ürünlerde izobarik (karşı-basınç) doldurma yöntemine geçiş yapabilen çok fonksiyonlu bir su doldurma makinesi stratejik bir yatırım olabilir. Bu çeşitlilik, su doldurma makinesi teknolojisini tam olarak üretim hedeflerine, kabın türüne ve istenen çıktıya uygun şekilde seçebilmek amacıyla deneyimli üreticilerle görüşmenin önemini vurgular.