Ang kalinisan at kontrol sa kontaminasyon ay napakahalaga sa bawat yugto ng isang modernong linya ng pagpupuno ng tubig, dahil ang tubig ay isang produkto na may mababang acidity at kaya ring madaling kapitan ng mikrobial na paglago. Ang buong linya ng pagpupuno ng tubig ay ginawa gamit ang stainless steel na may kalidad para sa pagkain (AISI 304/316L) para sa lahat ng ibabaw na nakikipag-ugnayan sa produkto, na pinolish hanggang sa maging makinis upang maiwasan ang pagdikit ng bakterya. Isang mahalagang katangian nito ay ang pagsasama ng isang saradong sistema ng Cleaning-In-Place (CIP), na awtomatikong naglilinis at nagdedesinpektahin ang mga tangke, pipeline, at mga valve ng pagpupuno ng linya ng pagpupuno ng tubig nang hindi kinakailangang tanggalin ang anumang bahagi. Ang machine na panghuhugas sa simula ng linya ng pagpupuno ng tubig ay gumagamit ng pinagfilter na compressed air, tubig na may dagdag na ozone, o purong tubig upang matiyak na ang bawat bote ay malinis sa loob bago ito punuan. Para sa mga tagapag-produce ng esteril na bottled water, ang linya ng pagpupuno ng tubig ay may kasamang sterile zone na may laminar airflow na filtered ng HEPA sa paligid ng mga filling valve, at lahat ng komponente ay inesterilisa gamit ang superheated steam o chemical vapors bago ang operasyon. Ang ganitong komprehensibong pokus sa sanitary design ay nagsisiguro na ang bawat bote na ginagawa sa linya ng pagpupuno ng tubig ay sumusunod sa pinakamataas na pandaigdigang pamantayan sa kaligtasan ng pagkain, na nangangalaga sa kalusugan ng mga konsyumer at sa reputasyon ng brand.