Ang pagpapatupad ng isang mahigpit, batay sa agham na programa sa pagtitiyak ng kalidad (QA) ang pundasyon ng tiwala ng mga konsyumer at reputasyon ng tatak para sa anumang planta ng pagbubotelya ng tubig. Ang programang ito sa isang propesyonal na planta ng pagbubotelya ng tubig ay umaabot nang malayo sa simpleng pagsusuri sa huling produkto upang sakop ang buong proseso. Kasama rito ang karaniwang mikrobiyolohikal at kemikal na pagsusuri sa pinagkukunan ng tubig, sa tubig na nasa proseso matapos ang bawat yugto ng paggamot, at sa mga natapos na botelya. Dapat din i-validate ng planta ng pagbubotelya ng tubig ang epekto ng mga pamamaraan sa paglilinis at pagdidisimpektasyon (CIP) at subaybayan ang kalinisan ng kapaligiran sa produksyon sa pamamagitan ng mga pagsusuri sa hangin at mga swab test sa ibabaw. Kinakailangan ang detalyadong pagrerecord at mga sistema ng pagsubaybay, na nagbibigay-daan upang ma-trace ang bawat batch na ginawa ng planta ng pagbubotelya ng tubig pabalik sa mga pinagkukunang materyales at kondisyon ng produksyon. Ang pagsunod sa mga internasyonal na pamantayan tulad ng HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point) ay karaniwang gawain para sa isang respetadong planta ng pagbubotelya ng tubig, na nagsisigurado ng proaktibong at pang-unang pamamaraan sa pamamahala ng kaligtasan ng pagkain.