Su doldurma makineleri, çeşitli su kaynakları ve şişe malzemelerinin özel gereksinimlerini karşılamak için farklı türde doldurma yöntemlerini uygulayacak şekilde tasarlanmıştır. Su doldurma makinelerinde en yaygın olarak kullanılan doldurma yöntemleri arasında gravite dolumu, normal basınç dolumu ve vakum dolumu yer alır. Gravite dolumu, şişeleri doldurmak için yerçekimi kuvvetine dayanan basit ve maliyet etkin bir doldurma yöntemidir. Gravite dolum makinesinde su, dolum nozullarının üzerindeki bir tankta depolanır. Şişeler nozulların altına yerleştirildiğinde su yerçekimi etkisiyle şişelere akar. Bu yöntem, saflaştırılmış su ve maden suyu gibi düşük viskoziteli sıvıların doldurulması için uygundur. Gravite dolum makineleri kullanımı ve bakımı kolaydır ve genellikle küçük ölçekli ve düşük kapasiteli üretim tesislerinde kullanılır. Atmosferik dolum olarak da bilinen normal basınç dolumu, başka yaygın bir doldurma yöntemidir. Normal basınç dolum makinesinde su, atmosferik basınç altında şişelere doldurulur. Dolum işlemi, su akışını düzenlemek için açılıp kapanan valfler ile kontrol edilir. Bu yöntem, suyun yanı sıra meyve suları ve gazlı içecekler gibi geniş bir sıvı yelpazesi için uygundur. Normal basınç dolum makineleri iyi dolum doğruluğu sağlar ve temizlenmesi ile dezenfekte edilmesi nispeten kolaydır. Orta ölçekli üretim tesislerinde yaygın olarak kullanılırlar. Vakum dolumu, dolumdan önce şişenin içine bir vakum oluşturarak hava kabarcıklarını uzaklaştıran bir doldurma yöntemidir. Bu işlem, oksidasyon ve kontaminasyon riskini azaltmaya yardımcı olur. Vakum dolum makinesinde şişe önce boşaltılarak vakum oluşturulur, ardından basınç farkından yararlanılarak su şişeye çekilir. Vakum dolum yöntemi, bazı aromalı sular ve premium maden suları gibi uçucu ya da oksijene duyarlı sıvıların doldurulması için uygundur. Vakum dolum makineleri yüksek dolum doğruluğu sunar ve şişelenmiş suyun kalitesini ve stabilitesini korumada etkilidir. Gerçek uygulamalarda doldurma yönteminin seçimi, su kaynağının özellikleri, şişe malzemesi ve üretim gereksinimlerine bağlıdır. Örneğin, yüksek mineral içeriğine sahip şişelenmiş su üreten bir üretici, minerallerin oksitlenerek suyun tadını etkilemesini önlemek için vakum dolum makinesi tercih edebilir. Kitle piyasası için büyük miktarlarda saflaştırılmış su üreten bir üretici ise maliyet etkinliği ve kullanım kolaylığı nedeniyle gravite dolum veya normal basınç dolum makinesini daha uygun görebilir.