Ang kalinisan at kontrol sa kontaminasyon ay lubhang mahalaga sa bawat yugto ng isang modernong linya ng pagpupuno ng tubig, dahil ang tubig ay isang produkto na may mababang acidity at kaya ring magdulot ng paglago ng mikrobyo. Ang buong linya ng pagpupuno ng tubig ay ginawa gamit ang stainless steel na may kalidad para sa pagkain (AISI 304/316L) para sa lahat ng ibabaw na nakikipag-ugnayan sa produkto, na pinolish hanggang sa maging makinis upang maiwasan ang pagdikit ng bakterya. Isang mahalagang katangian nito ay ang pagsasama ng isang saradong sistema ng Cleaning-In-Place (CIP), na awtomatikong naglilinis at nagpapakalusog sa mga tangke, pipeline, at mga valve ng pagpupuno ng linya ng pagpupuno ng tubig nang hindi kinakailangang tanggalin ang anumang bahagi. Ang machine na nagpapaligo sa simula ng linya ng pagpupuno ng tubig ay gumagamit ng compressed air na pinagfilter, tubig na may dagdag na ozone, o purong tubig upang matiyak na ang loob ng bawat bote ay malinis bago punuan. Para sa mga tagapag-produce ng esteril na bottled water, ang linya ng pagpupuno ng tubig ay may kasamang sterile zone na may laminar airflow na binubuo ng HEPA-filtered air na pumapalibot sa mga valve ng pagpupuno, at lahat ng komponente ay inesterilisa gamit ang superheated steam o chemical vapors bago magsimula ang operasyon. Ang ganitong komprehensibong pagtuon sa sanitary design ay nagpapagarantiya na ang bawat bote na ginagawa sa linya ng pagpupuno ng tubig ay sumusunod sa pinakamataas na pandaigdigang pamantayan sa kaligtasan ng pagkain, na nagsisilbing proteksyon sa kalusugan ng mga konsyumer at sa reputasyon ng brand.