การรักษาสุขอนามัยและการควบคุมการปนเปื้อนมีความสำคัญอย่างยิ่งในทุกขั้นตอนของสายการบรรจุน้ำสมัยใหม่ เนื่องจากน้ำเป็นผลิตภัณฑ์ที่มีความเป็นกรดต่ำ จึงเสี่ยงต่อการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ สายการบรรจุน้ำทั้งหมดถูกสร้างขึ้นโดยใช้เหล็กกล้าไร้สนิมเกรดอาหาร (AISI 304/316L) สำหรับพื้นผิวทั้งหมดที่สัมผัสกับผลิตภัณฑ์ ซึ่งได้รับการขัดเงาให้เรียบเนียนเพื่อป้องกันไม่ให้แบคทีเรียเกาะติด คุณสมบัติที่สำคัญประการหนึ่งคือ การผสานระบบทำความสะอาดภายในเครื่องแบบวงจรปิด (Cleaning-In-Place: CIP) ซึ่งสามารถทำความสะอาดและฆ่าเชื้อถัง ท่อ และวาล์วบรรจุน้ำของสายการบรรจุน้ำโดยอัตโนมัติ โดยไม่จำเป็นต้องถอดชิ้นส่วนออก ขณะที่เครื่องล้างขวดที่ตั้งอยู่บริเวณจุดเริ่มต้นของสายการบรรจุน้ำจะใช้อากาศอัดที่ผ่านการกรอง น้ำที่อุดมไปด้วยโอโซน หรือ น้ำบริสุทธิ์ เพื่อให้มั่นใจว่าขวดแต่ละใบจะสะอาดภายในก่อนเข้าสู่ขั้นตอนการบรรจุ สำหรับผู้ผลิตน้ำบรรจุขวดแบบปลอดเชื้อ สายการบรรจุน้ำจะมีการจัดตั้งโซนปลอดเชื้อ (sterile zone) ที่มีอากาศไหลแบบลามินาร์ (laminar airflow) ซึ่งผ่านตัวกรอง HEPA ครอบคลุมบริเวณวาล์วบรรจุ และส่วนประกอบทั้งหมดจะได้รับการฆ่าเชื้อด้วยไอน้ำร้อนจัด (superheated steam) หรือไอสารเคมีก่อนเริ่มปฏิบัติการ การออกแบบที่เน้นด้านสุขาภิบาลอย่างรอบด้านนี้ ทำให้มั่นใจได้ว่าขวดทุกขวดที่ผลิตจากสายการบรรจุน้ำจะสอดคล้องตามมาตรฐานความปลอดภัยด้านอาหารระดับโลกที่เข้มงวดที่สุด ซึ่งไม่เพียงแต่ปกป้องสุขภาพของผู้บริโภคเท่านั้น แต่ยังรักษาชื่อเสียงของแบรนด์ไว้ด้วย