Ჰიგიენური და სანიტარული პროტოკოლები, რომლებიც ჩაშენებულია თანამედროვე წყლის ავტომატურ ავზში, არის მისი დიზაინის არ შეიძლება შეთანხმების საგნები, რომლებიც პირდაპირ აისახება პროდუქტის უსაფრთხოებასა და შენახვის ვადაზე. რადგან წყალი არის დაბალი მჟავიანობის პროდუქტი, რომელიც მიკრობიოლოგიური დაბინძურების მიმართ მგრძნობარეა, მანქანა უნდა იყოს აგებული და ექსპლუატაციაში მოყვანილი ისე, რომ არ შეიტანოს პათოგენები. ეს იწყება მანქანის არхიტექტურით, რომელიც მოიცავს გლუვ, გამოხვევების გარეშე ზედაპირებს და თავისთავად გამოსადევნად შესაძლებლობას მიმართვის მიზნით შემდგომი სადევნებლო მილებს, რათა წყლის დაგროვება არ მოხდეს. ბევრი განვითარებული წყლის ავტომატური ავზი შეიცავს ავტომატურ სისტემას CIP (Clean-in-Place), რომელიც ცხელ წყალს, მძაფრ ხსნარებს და სტერილიზატორებს, მაგალითად, პერაცეტილის მჟავას ატარებს ყველა პროდუქტის კონტაქტში მყოფ ზედაპირზე დამოკიდებლობის გარეშე დამკვრელი ნაკრების გახსნის გარეშე. ასეპტური ავტომატური ავზის შემთხვევაში, რომელიც უფრო მეტად მოთხოვნილი ხდება პრემიუმ წყლებისთვის, წყლის ავტომატური ავზი შეიცავს სტერილურ ზონას. ეს არეალი უწყვეტად იყენებს სტერილურ ჰაერს (ხშირად HEPA ფილტრით გასუფთავებულს) და ავტომატური ავზის სავსების ვალვები თავად შეიძლება სტერილიზირდეს სუპერგაცხელებული ბურღის ან ქიმიური წყლის აორთქლებით წარმოების წინ. ამ მანქანებში ავტომატური ავზის პროცესი ხდება სრულად დახურულ და დადებითი წნევის გარემოში, რათა აეროზოლური დაბინძურების შესაძლებლობა არ არსებობდეს. ასეპტური არ არსებულ შემთხვევაშიც კი, წყლის ავტომატური ავზის წინ მდებარე ბოთლის გასუფთავების კომპონენტები მნიშვნელოვანია, რომლებიც გამოიყენებენ გასუფთავებულ ჰაერს ან გასუფთავებულ წყალს კონტეინერებში მყოფი ნაკრებების მოსაშორებლად. ამიტომ, საუკეთესო ხარისხის წყლის ავტომატური ავზი ისევე სანიტარული დაცვის საშუალებაა, როგორც ავტომატური ავზის მოწყობილობა, რაც უზრუნველყოფს ყველა ბოთლის წყლის მიღებას უმაღლესი მიკრობიოლოგიური სტანდარტების შესაბამად.