Higijena i kontrola kontaminacije od suštinske su važnosti u svakoj fazi moderne vodene linije za punjenje, jer je voda proizvod niske kiselosti osjetljiv na rast mikroba. U skladu s člankom 3. stavkom 2. stavkom 3. točkom (a) Uredbe (EZ) br. 726/2009 Komisija je odlučila da se za proizvod koji je upotrebljen u proizvodima iz članka 3. stavka 1. točke (b) Uredbe (EZ) br. 726/2009 primjenjuje sljedeći standard: Ključna je značajka integracije sustava za čišćenje na mjestu (CIP) zatvorenog kružnog sustava, koji automatski čisti i sanitizira spremnike, cijevi i ventile za punjenje vodovodne linije bez rastavljanja. Mašina za ispiranje na početku vodene linije za punjenje koristi filtrirani komprimirani zrak, vodu obogaćenu ozonom ili čistu vodu kako bi se osiguralo da je svaka boca unutar čisto prije punjenja. U slučaju proizvođača sterilne bočane vode, cijev za punjenje vode uključuje sterilnu zonu s HEPA filtriranim laminarnim protokom zraka oko ventila za punjenje, a sve komponente steriliziraju se pregrijanom parom ili kemijskim parama prije rada. Ova sveobuhvatna pozornost na sanitarni dizajn osigurava da svaka boca proizvedena na liniji punjenja vode ispunjava najviše svjetske standarde sigurnosti hrane, čuvajući zdravlje potrošača i ugled brenda.