Внедряването на строга, базирана на научни данни програма за осигуряване на качеството (QA) е основата на доверието на потребителите и репутацията на брендовете за всяка завода за бутилиране на вода. Тази програма в професионален завод за бутилиране на вода излиза далеч зад крайното тестване на продукта и обхваща целия производствен процес. Тя включва рутинно микробиологично и химично тестване на източниковата вода, на водата по време на производствения процес след всяка стъпка от третирането и на готовите бутилки. Заводът за бутилиране на вода също трябва да валидира ефективността на процедурите за почистване и дезинфекция (CIP) и да следи хигиената на производствената среда чрез тестване на въздуха и вземане на проби от повърхности чрез тампони. Поддържането на подробни регистри и системи за проследяване е задължително, като всяка партида, произведена от завода за бутилиране на вода, трябва да може да се проследи до изходните материали и производствените условия. Соблюдението на международни стандарти като HACCP (Анализ на опасностите и критичните контролни точки) е стандартна практика за респектиран завод за бутилиране на вода и гарантира проактивен и превентивен подход към управлението на безопасността на храните.