Hijiena hər hansı peşəkar şüşələmə maşınının dizaynında və istismarında danışılmaz əsasdır. Cihaz istehlak məhsulları ilə işlədiyindən, maye ilə təmasda olan bütün səthlər əsasən qida səviyyəli, korroziyaya davamlı materiallardan — xüsusilə paslanmayan polad (AISI 304 və ya 316L) — hazırlanır və bakteriyaların yapışmasını maneə törətmək üçün hamar səthli parlaq emal olunur. Yüksək keyfiyyətli şüşələmə maşını, daxili məhsul yolları boyu isti su, təmizləyici maddələr və sterilizatorları sökülmədən dövriyyəyə salan avtomatlaşdırılmış Yerində Təmizləmə (CIP) sistemləri ilə pərələşməzsiz inteqrasiya edilməsi üçün hazırlanmışdır. Aseptik və ya steril şüşələmə üçün şüşələmə maşınının dizaynı HEPA süzgəcindən keçirilmiş havaya malik nəzarət olunan mühit yaratmağa və buxar və ya kimyəvi maddələrlə sterilizə edilə bilən komponentlərə uzanır. Bu qədər sərt təmizlənəbilənlik tələbləri şüşələmə maşınının məhsul təhlükəsizliyini təmin etməsini, saxlama müddətini uzatmasını və kross-kontaminasiyanı (çirklənmənin bir məhsuldan digərinə keçməsi) qarşısını almasını təmin edir; bu da qida və içki istehsalı üçün tamamilə vacibdir.