Các máy chiết rót nước được thiết kế để xử lý các phương pháp chiết rót khác nhau nhằm đáp ứng các yêu cầu cụ thể của nhiều nguồn nước và loại vật liệu chai lọ khác nhau. Các phương pháp chiết rót phổ biến nhất được sử dụng trong máy chiết rót nước bao gồm chiết rót theo trọng lực, chiết rót áp suất thường và chiết rót chân không. Chiết rót theo trọng lực là phương pháp đơn giản và tiết kiệm chi phí, dựa vào lực hấp dẫn để đổ đầy chai. Trong một máy chiết rót trọng lực, nước được lưu trữ trong một bồn chứa đặt phía trên các vòi chiết. Khi các chai được đặt dưới vòi, nước chảy xuống vào bên trong chai nhờ trọng lực. Phương pháp này phù hợp để chiết rót các chai chứa chất lỏng có độ nhớt thấp như nước tinh khiết và nước khoáng. Các máy chiết rót trọng lực dễ vận hành và bảo trì, thường được sử dụng trong các cơ sở sản xuất quy mô nhỏ và công suất thấp. Chiết rót áp suất thường, còn gọi là chiết rót áp suất khí quyển, là một phương pháp chiết rót khác được sử dụng rộng rãi. Trong máy chiết rót áp suất thường, nước được đổ vào chai ở áp suất khí quyển. Quá trình chiết được điều khiển bởi các van mở và đóng để điều tiết dòng chảy của nước. Phương pháp này phù hợp để chiết rót các chai với nhiều loại chất lỏng khác nhau, bao gồm nước, nước ép trái cây và đồ uống có gas. Máy chiết rót áp suất thường mang lại độ chính xác cao trong quá trình chiết và tương đối dễ làm sạch, khử trùng. Chúng thường được dùng trong các cơ sở sản xuất quy mô trung bình. Chiết rót chân không là phương pháp tạo ra chân không bên trong chai trước khi chiết rót. Điều này giúp loại bỏ toàn bộ không khí trong chai, giảm nguy cơ oxy hóa và nhiễm bẩn. Trong máy chiết rót chân không, chai đầu tiên được hút chân không, sau đó nước được hút vào chai nhờ chênh lệch áp suất. Phương pháp chiết rót chân không phù hợp để chiết rót các chai chứa chất lỏng dễ bay hơi hoặc nhạy cảm với oxy, ví dụ như một số loại nước hương vị và nước khoáng cao cấp. Máy chiết rót chân không cung cấp độ chính xác cao và có thể đảm bảo chất lượng cũng như độ ổn định của nước đóng chai. Trong thực tế, việc lựa chọn phương pháp chiết rót phụ thuộc vào đặc tính của nguồn nước, vật liệu chai và yêu cầu sản xuất. Ví dụ, nếu một nhà sản xuất đang chế biến nước đóng chai có hàm lượng khoáng chất cao, họ có thể chọn máy chiết rót chân không để ngăn ngừa hiện tượng oxy hóa khoáng chất làm ảnh hưởng đến mùi vị của nước. Nếu một nhà sản xuất đang sản xuất số lượng lớn nước tinh khiết cho thị trường đại chúng, thì máy chiết rót trọng lực hoặc chiết rót áp suất thường có thể phù hợp hơn do tính hiệu quả về chi phí và dễ vận hành.