Khu vực đóng gói và nhà xưởng sản xuất là trung tâm năng động của một nhà máy đóng chai nước, nơi nước đã qua xử lý được chiết rót vào các bao bì. Khu vực này trong nhà máy đóng chai nước chứa các dây chuyền sản xuất tự động, có thể bao gồm máy thổi chai (nếu chai được sản xuất tại chỗ), máy rửa chai, máy chiết rót, máy đóng nắp, máy dán nhãn, máy in mã và thiết bị đóng gói như máy co màng hoặc máy đóng thùng. Bố trí mặt bằng của khu nhà xưởng này trong nhà máy đóng chai nước được tối ưu hóa nhằm đảm bảo dòng vật liệu vận chuyển trơn tru theo hướng tuyến tính, từ đó giảm thiểu nguy cơ tắc nghẽn và nhiễm chéo. Kiểm soát môi trường cũng rất quan trọng tại đây; việc duy trì áp suất không khí dương, kiểm soát nhiệt độ và đảm bảo tiêu chuẩn vệ sinh cao trong khu vực sản xuất của nhà máy đóng chai nước là yếu tố then chốt cả về an toàn sản phẩm lẫn vận hành ổn định của các thiết bị điện-cơ nhạy cảm. Hiệu suất của toàn bộ phân khu này trực tiếp quyết định năng lực sản xuất và chi phí vận hành của nhà máy đóng chai nước.