Trình tự vận hành của một máy chiết rót lon hiện đại là một kỳ tích của kỹ thuật cơ khí và điện tử được phối hợp nhịp nhàng. Quá trình thường bắt đầu bằng việc các lon rỗng được cấp từ máy gỡ palet hoặc máy mở thùng vào băng chuyền di chuyển theo hàng đơn, dẫn chúng vào máy chiết rót lon. Bên trong máy, các lon thường được làm sạch bằng khí trơ như CO₂ hoặc nitơ nhằm loại bỏ oxy — một bước then chốt để bảo quản sản phẩm, đặc biệt đối với bia và nước ép trái cây. Sau đó, các lon được định vị chính xác dưới các van chiết rót. Ở máy chiết rót lon dành cho đồ uống có ga, lon trước tiên được nạp áp suất sao cho tương đương với áp suất trong bồn chứa sản phẩm, rồi sản phẩm được đưa vào một cách nhẹ nhàng. Sau khi chiết rót xong, các lon ngay lập tức chuyển sang trạm ghép nắp — thường là một phần tích hợp trong cấu trúc monobloc của máy chiết rót lon. Tại đây, một nắp (hoặc "đáy") được đặt lên và cố định bằng quy trình ghép kép (double-seaming), tạo thành một mối ghép kín khí và bền vững. Toàn bộ chu kỳ vận hành bên trong máy chiết rót lon diễn ra trong một phần rất nhỏ của một giây, với hàng trăm lon được xử lý đồng thời trên một bàn xoay, minh chứng rõ vai trò của máy như 'trái tim' vận hành ở tốc độ cao trong dây chuyền đóng gói.