Ang mga makina para sa pagpuno ng tubig ay dinisenyo upang magampanan ang iba't ibang pamamaraan ng pagpuno upang matugunan ang tiyak na pangangailangan ng iba't ibang pinagmumulan ng tubig at materyales ng bote. Ang karamihan sa mga karaniwang pamamaraan ng pagpuno na ginagamit sa mga makina ng pagpuno ng tubig ay kinabibilangan ng pagpuno gamit ang gravity, pagpuno sa normal na presyon, at pagpuno gamit ang vacuum. Ang pagpuno gamit ang gravity ay isang simpleng at murang pamamaraan na umaasa sa puwersa ng gravity upang mapunan ang mga bote. Sa isang gravity filling machine, ang tubig ay iniimbak sa isang tangke na nasa itaas ng mga nozzle ng pagpuno. Kapag inilagay ang mga bote sa ilalim ng mga nozzle, ang tubig ay dumadaloy pababa sa loob ng mga bote dahil sa gravity. Ang pamamaraang ito ay angkop para mapunan ang mga bote na may mga likido na mababa ang viscosity, tulad ng purified water at mineral water. Madaling gamitin at mapanatili ang mga gravity filling machine, at karaniwang ginagamit ito sa mga maliit na produksyon na may mababang kapasidad. Ang normal na pagpuno ng presyon, na kilala rin bilang atmospheric filling, ay isa pang malawakang ginagamit na pamamaraan. Sa isang normal na pressure filling machine, ang tubig ay ipinupuno sa mga bote sa ilalim ng atmospheric pressure. Ang proseso ng pagpuno ay kontrolado ng mga balbula na nagbubukas at pumipigil upang regulahin ang daloy ng tubig. Ang pamamaraang ito ay angkop para mapunan ang mga bote na may iba't ibang uri ng likido, kabilang ang tubig, mga juice, at soft drinks. Ang mga normal pressure filling machine ay nag-aalok ng maayos na accuracy sa pagpuno at medyo madaling linisin at i-sanitize. Karaniwan itong ginagamit sa mga medium-scale na pasilidad sa produksyon. Ang vacuum filling ay isang pamamaraan ng pagpuno na lumilikha ng vacuum sa loob ng bote bago ito punuan. Nakatutulong ito upang alisin ang anumang hangin sa loob ng bote, na binabawasan ang panganib ng oxidation at kontaminasyon. Sa isang vacuum filling machine, unang ina-evacuate ang bote upang makalikha ng vacuum, at pagkatapos ay inaangat ang tubig papasok sa bote dahil sa pagkakaiba ng presyon. Ang vacuum filling ay angkop para mapunan ang mga bote na may volatile o oxygen-sensitive na likido, tulad ng ilang uri ng flavored water at premium mineral water. Ang mga vacuum filling machine ay nag-aalok ng mataas na accuracy sa pagpuno at nakatitiyak sa kalidad at katatagan ng bottled water. Sa mga tunay na aplikasyon, ang pagpili ng pamamaraan ng pagpuno ay nakadepende sa mga katangian ng pinagmumulan ng tubig, materyal ng bote, at pangangailangan sa produksyon. Halimbawa, kung ang isang tagagawa ay gumagawa ng bottled water na mataas ang nilalaman ng mineral, maaaring piliin nila ang vacuum filling machine upang maiwasan ang oxidation ng mga mineral na maaaring makaapekto sa lasa ng tubig. Kung ang isang tagagawa ay gumagawa ng malalaking dami ng purified water para sa masa, mas angkop ang gravity filling o normal pressure filling machine dahil sa kanilang kabisaan sa gastos at kadalian sa operasyon.