Watervulmachines zijn ontworpen om verschillende vulmethoden te kunnen hanteren om tegemoet te komen aan de specifieke eisen van diverse waterbronnen en flessenmaterialen. De meest gebruikte vulmethoden in watervulmachines zijn vullen door zwaartekracht, vullen bij normale druk en vacuümvullen. Vullen door zwaartekracht is een eenvoudige en kosteneffectieve methode die gebruikmaakt van de zwaartekracht om de flessen te vullen. Bij een vulmachine op basis van zwaartekracht wordt het water opgeslagen in een tank boven de vulpijpen. Wanneer de flessen onder de pijpen worden geplaatst, stroomt het water erdoorheen naar beneden in de flessen dankzij de zwaartekracht. Deze methode is geschikt voor het vullen van flessen met vloeistoffen met lage viscositeit, zoals gezuiverd water en mineraalwater. Machines die werken op basis van zwaartekracht zijn eenvoudig in bediening en onderhoud, en worden vaak gebruikt in kleine en laagcapaciteitsproductie-installaties. Vullen bij normale druk, ook wel atmosferisch vullen genoemd, is een andere veelgebruikte vulmethode. Bij een machine voor vullen bij normale druk wordt water bij atmosferische druk in de flessen gevuld. Het vulproces wordt geregeld door kleppen die open- en dichtgaan om de waterstroom te reguleren. Deze methode is geschikt voor het vullen van flessen met een breed scala aan vloeistoffen, waaronder water, sappen en frisdranken. Machines voor vullen bij normale druk bieden een goede vulnauwkeurigheid en zijn relatief gemakkelijk te reinigen en te desinfecteren. Ze worden veel gebruikt in middelgrote productie-installaties. Vacuümvullen is een vulmethode waarbij eerst een vacuüm in de fles wordt aangebracht alvorens te vullen. Dit helpt om alle lucht uit de fles te verwijderen, waardoor het risico op oxidatie en verontreiniging wordt verlaagd. Bij een vacuümvulmachine wordt de fles eerst ontlucht om een vacuüm te creëren, waarna het water door het drukverschil in de fles wordt gezogen. Vacuümvullen is geschikt voor het vullen van flessen met vluchtige of zuurstofgevoelige vloeistoffen, zoals bepaalde soorten aromatisch water en premium mineraalwater. Vacuümvulmachines bieden een hoge vulnauwkeurigheid en kunnen de kwaliteit en stabiliteit van het gebottelde water waarborgen. In praktijktoepassingen hangt de keuze van de vulmethode af van de kenmerken van de waterbron, het flessenmateriaal en de productie-eisen. Als een fabrikant bijvoorbeeld mineraalwater produceert met een hoog mineraalgehalte, kan hij of zij kiezen voor een vacuümvulmachine om oxidatie van de mineralen te voorkomen en de smaak van het water te beschermen. Produceert een fabrikant grote hoeveelheden gezuiverd water voor de massamarkt, dan kan een vulmachine op basis van zwaartekracht of normale druk geschikter zijn vanwege de kosteneffectiviteit en eenvoudige bediening.