Het implementeren van een strenge, wetenschappelijk onderbouwde kwaliteitsborging (QA) is de basis voor het consumentenvertrouwen en de merkreputatie van elke waterflesfabriek. Dit programma in een professionele waterflesfabriek gaat verder dan alleen de eindproducttest en omvat het gehele proces. Het omvat routine microbiologische en chemische tests van het bronwater, het tussentijds water na elke behandelingsfase en de afgewerkte flessen. De waterflesfabriek moet ook de doeltreffendheid van de reinigings- en ontsmettingsprocedures (CIP) valideren en de hygiëne van de productieomgeving bewaken via lucht- en oppervlaktetesten met swabmonsters. Gedetailleerde registratie en traceerbaarheidssystemen zijn verplicht, waardoor elke partij die door de waterflesfabriek wordt geproduceerd, kan worden teruggevoerd naar de oorspronkelijke grondstoffen en productieomstandigheden. De naleving van internationale normen zoals HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point) is standaardpraktijk voor een gerenommeerde waterflesfabriek en waarborgt een proactieve, preventieve aanpak van het voedselveiligheidsmanagement.