Საკონტროლო წესების მკაცრი, მეცნიერულად დაფუძნებული ხარისხის გარანტირების (QA) პროგრამის შემუშავება ნებისმიერი წყლის ბოთლირების საწარმოს მომხმარებლის ნდობისა და ბრენდის რეპუტაციის საფუძველია. პროფესიონალური წყლის ბოთლირების საწარმოს ამ პროგრამა მოიცავს მთლიანად მთელ წარმოების პროცესს და გაცილებით მეტს, ვიდრე საბოლოო პროდუქტის ტესტირება. ეს მოიცავს წყლის წყაროს, თითოეული მუშაობის ეტაპის შემდეგ მიღებული საშუალო წყლის და დასრულებული ბოთლების მიკრობიოლოგიურ და ქიმიურ ტესტირებას. წყლის ბოთლირების საწარმოს ასევე უნდა დაადასტუროს სუფთავის და სადეზინფექციო პროცედურების (CIP) ეფექტურობა და აერობიოლოგიური და ზედაპირული ნიმუშების აღების მეშვეობით უნდა მოახდინოს წარმოების გარემოს ჰიგიენის მონიტორინგი. დეტალური ჩანაწერების და სრული საკვალიფიკაციო სისტემების შენახვა სავალდებულოა, რათა წყლის ბოთლირების საწარმოს მიერ წარმოებული ნებისმიერი პარტია შეიძლება დაეკავშირდეს მის საწყის მასალებს და წარმოების პირობებს. საერთაშორისო სტანდარტების, მაგალითად HACCP-ის (საფრთხეების ანალიზი და კრიტიკული კონტროლის წერტილები), შესრულება რეპუტაციული წყლის ბოთლირების საწარმოს სტანდარტული პრაქტიკაა და უზრუნველყოფს საკვების უსაფრთხოების მართვის პროაქტიულ და პრევენციულ მიდგომას.